Cita: El problema es porque en la URL Amigable que se genera para mostrar el artículo al usuario, ya no coincidían las IDS, si que coincidían datos, textos, imágenes etc, pero no las IDS, por lo tanto google las que ya estaban indexadas al mostrarlas y acceder me daban errores 404.
Esto que describes no tiene ninguna relación con MySQL. MySQL no ve ni entiende de URLs, sean las que sean.
Y tu estabas hablando de migrar datos, no de URL...
Cita: Tengo que migrar datos de una base de datos a otra
Lo que hagas en la aplicación (incluyendo en navegador) es totalmente invisible para la BBDD.
Cita: Al final lo he solucionado desactivando el autoincrementable.
Ten en cuenta que al desactivar el AI, ya no se genera ninguna numeración de ningún tipo en forma automática, y será responsabilidad de la aplicación crear los valores de INSERT que correspondan.
¿Eso lo tienes claro?
A mi entender estás corrompiendo el funcionamiento de la base, y sigue sin quedar claro qué problemas tendías entonces con los ID autonicrementados. Me parece que simplemente el tema pasaba por tener un proceso de migración mal diseñado.