Sobre parallax y animaciones, unas cuantas dudas de novato

[Attreyu]

Perdon por el doble post, pero realmente necesito que me echeis una mano, ya que ando bastante perdido.
Como bien os puse en la imagen, tengo una serie de carpetas que no se introducir en la carpeta de la web, ya que actualmente lo tengo asi.
Web
../images
../index.html

Donde deberia introducir ese plugin que he encontrado(js.wayponints)? como debo declararlas en el archivo index.html??

Muchas gracias!