Hola jotaperez,
Para poder hacer un script que te automatice esto, lo primero es necesario saber cómo debes correr ese comando, ya que puede haber muchas maneras, no sabemos si es de PHP, si es de shell, perl o lo que sea, también deben asegurarte la ruta y desde dónde es la misma.
Una vez sabido todo eso, se puede hacer un cron directamente que ejecute el comando o quizá haya que crear un PHP que lo haga y ejecutar el PHP, de todas formas, por ahora, no veo nada relacionado con PHP, es más bien tema de servidores, y para eso hay un subforo dedicado a ello...,
por ejemplo a Apache