Desconozco tu proyecto, pero 1000 variables de entrada me parece un número más que suficiente para el 90% de los proyectos, creo que solo en casos muy puntuales esa cantidad puede ser insuficiente o simplemente es un error de planteamiento.
En cualquier caso si al final necesitas pasar esa gran cantidad de variables y lo vas hacer mediante array ten en cuenta que otras directivas pueden entrar en juego:
Cita: max_input_time
Establece el tiempo máximo en segundos que se permite a un script analizar datos de entrada, como POST y GET. La medición comienza en el momento en que PHP es invocado en el servidor y finaliza cuando la ejecución comienza.
max_input_nesting_level
Establece el máximo de profundidad de anidamiento para variables de entrada (p.ej. $_GET, $_POST.)