Hola que tal, bueno a mi ver tendrías que hacer algunas cosas.
- El div que quieres que se repita cada determinado número de items tiene que estar dentro del while
- Tienes que dividir en bloques de 3 tu consulta, esto creo se hace con el operador "%"
- Te dejo un link con respecto a dividir en bloques las consultas Aqui
Intentalo y comenta que tal