como puedo excluirde una consulta algunos registros

[gnzsoloyo]

...Pues simplemente agregando ESA condición al WHERE...
Ten en ceutna que el SQL devolverá especificamente lo que le indiques, y si quires excluir, la condición es sencillamente que NO (NOT) tenga algo en determinado campo.

Código MySQL:

SELECT COUNT(id)FROM empresa 
WHERE trabajador='activo' AND id NOT IN(2,5,7,8,9,12)
 

Por otro lado, si los que se deben excluir pueden agruparse en algun tipo de condición dado, entonces simplemente el conjunto de ID debe ser devuelto por una subconsulta:

Código MySQL:

SELECT COUNT(id)FROM empresa 
WHERE trabajador='activo' AND empleado_id NOT IN(SELECT empleado_id FROM empelados WHERE ....)
 

Todo esto es de manual básico, de tutorial.

Por cierto, voy a suponer que los empleados NO ESTÁN en la tabla EMPRESA... porque sino tendrias un diseño muy defectuoso.