Cita: La base de datos tendría solo 3 tablas. La tabla con los datos principales podría llegar a tener una vez completa unos 105 millones de registros.
¿Sólo tres tablas?
¿Están correctamente normalizadas? ¿La definicion de los tipos de dato en cada columna son correctos?
Si la respuesta es SI, entonces no hay ningún inconveniente.
Cita: El proyecto comenzará a estar operativo cuando alcance unos 4.200.000 registros almacenados.
Eso no califica ni para llamarla "tabla mediana". Es una tabla chica, podría funcionar inclusive en una notebook.
Cita: Con un solo usuario conectado no creo que existan problemas pero si hay más de 100 ¿Surgirían inconvenientes?
La concurrencia de usuarios no es sólo problema de MySQL, sino del WebServer. Dependerá de la configuración y capacidades de los servidores el que no haya problemas.
Por su lado, 100 usuarios concurrentes no son mayor inconveniente. Es el valor por default de instalación en una PC local para MySQL.
Cita: ¿Mysql es adecuado para realizar tareas como estas?
Amazon comenzó con un MySQL 4.x...
¿te parece que una versión 5.7.x no te va a servir?
Cita: ¿Me recomiendan otro motor?
Con todos los DBMS vas a tener que medir y configurar los requerimientos del sistema para adecuarlos a tu uso. No es que este si y el otro no. Podrías cambiar a Oracle, DB2, POstgreSQL o SQL Server y funcionar mal, simplemente porque ni el WebServer ni el servidor de la base estén bien configurados, o bien el hardware no te alcanza para tus necesidades.
Cada proyecto necesita ser analizado por si mismo.