Primero debes aprender a separar el contexto de ambas cosas: una cosa son los recursos a nivel de PHP, que son los scripts, etc. y otra muy diferente los recursos web, que son los que describes con HTML.
Siempre debes pensar en HTML, y finalmente en HTML. Si ubicas tus recursos pensando en los directorios de tus scripts de PHP entonces estás atando todo a la estructura de tus scripts.
Piensa siempre en un documento HTML completo, que siempre se carga a partir de el mismo punto desde el navegador: no desde qué script estés incluyendo en tu código.
De igual forma siempre debes usar rutas absolutas en tus recursos para web, el usar la ruta absoluta en tus scripts de PHP en nada afectará así que no sirve de nada.
Ejemplo:
Código HTML:
Ver original<link href="/Libreria/CSS/cuerpo.css" rel="stylesheet" type="text/css"/>
Ya con indicar la / barra inicial le dices al navegador que busque dicho recurso en la raíz de tu servidor web, independientemente de cómo hayas "armado" el HTML pues es totalmente irrelevante a nivel de PHP.