Ejecutar un jar desde PHP

[xerifandtomas]

Obviamente como te indica el compañero no es un problema de php, ni de Apache.

Primero deberías de poder ejecutar desde la línea de comandos, si no funciona desde ahí buscar el problema en php o apache es perder el tiempo. Intenta averiguar por qué no funciona desde hay.

Lo que si me llama la atención es que la ruta C:\apache\www\certificados que te indica es diferente a la que indicas que esta el certificado. Quizás sea un problema con la ruta que no es la suya o simplemente los archivos no están hubicados en el directorio correcto.