Las cookies funcionan de la siguiente forma:
1. Asignas una cookie con setcookie()
2. Recargas la pagina
3. Ahí está el valor
Si antes del punto (1) imprimes algo, o haces algo que finalice la petición, algo que impida enviar más cabeceras, entonces no funcionará jamás.
Revisa bien cómo realizas tus procesos, ahí puede estar el verdadero problema.
