Dudas Proyecto en Netbeans

[osmaymoya]

Hola amigos, he estado haciendo algunas pruebas integrando Spring con Hibernate en una aplicacion web y me ha sucedido lo siguiente:
La aplicacion funcionaba perfectamente (solamente estaba mostrando datos de una tabla en pantalla, unicamente accedía a la base de datos y mostraba), cambio la libreria de Hibernate a una version superior para utilizar anotaciones que en principio la que estaba utilizando no me lo permitia, la aplicacion comenzó a pedirme librerías extras, y ante la duda y para poder documentarme mejor vuelvo a la librería anterior y para mi sorpresa como que se ha vuelto loca la aplicacion, ha comenzado a solicitarme librería que desde mi punto de vista ya tenía. Como la aplicacion es tan pequeña levanté un proyecto nuevo empezando de cero, le agrego las librerías, cree las clases y al correrlo me sigue el mismo problema como si nunca hubiera funcionado... alguien pudiera explicarme qué pudo haber pasado. Gracias