Realmente no termino de entender lo que quieres, pero por qué no los relaciones por $articulo que supongo será el id.
Código PHP:
echo "<td><input type='checkbox' name='novedad[]' value='".$articulo."'/>
<a href='#' class='btn btn-danger btn-xs' role='button'>NOVEDAD</a></td>";
echo "<td><span class='glyphicon glyphicon-barcode'> </span><input type='text' name='ean13[".$articulo."]' maxlength='13' size='13' value='".$ean13."'></td>";
Código PHP:
$ean13=$_POST["ean13"];
$articulo=$_POST["novedad"];
foreach ( $articulo as $key => $value )
{
echo 'Ean13: '.$ean13 [$value];
}