Qué codificación tiene tu script? y cuál es la codificación por default para cada servidor?
Aparte, si el script está en ANSI (Windows, ISO u otro equivalente) y el servidor maneja UTF8, será necesario agregar un encabezado para que el navegador sepa el tipo de contenido que va a presentar, ejemplo:
Todo lo que tienes que hacer es especificar el juego de caracteres con el que vas a trabajar y no deberías tener problemas.