Podéis probar utilizando
sentencias preparadas e incrementar el tiempo máximo de ejecución del script (
max_execution_time ), si es necesario pausar un el Script entre consulta y consulta (
usleep ).
Lo que no terminó de entender el motivo o la necesidad de tener que actualizar miles de registros uno a uno de forma asidua ¿ por qué surge esta necesidad ? Por que en muchos casos esto se da por un mal planteamiento.