Ejecutar muchas instrucciones mysql Update seguidas

[xerifandtomas]

Es muy difícil determinar la mejor forma sin conocer la aplicación, sus requerimientos y como está programada.

Yo intentaría determinar primero la causa des problema, saber si es por que excede el tiempo de ejecución, si excede la memoria disponible para el Script, si es por que se crean cientos de conexiones a mysql y este las rechaza por concurrencia, si es un problema de los datos... en definitiva determinar claramente la causa del problema para poder atacarlo directamente.

Por otro lado, el archivo de texto de donde tomas los datos, ¿ es generado por la propia aplicación, una aplicación externa, a mano? ¿ es posible hacer la actualización de los datos desde otro fuente que no sea el archivo de texto?

Igualmente como comenta el compañero estos casos de volcado masivo de datos, se suelen automatizar mediante un Cron Job para realizar lo de forma automática en hora de poca carga.