Hay muchas formas de hacer esto, ¿cual es la apropiada? pues depende.
Lo que no terminó de entender es si has podido determinar la causa de forma concreta, ¿ que error genera cuando falla el Script ? intensa darnos datos más específicos acerca del problema, ya que 'se satura' no aporta mucho.
También puedes intentar determinar si falla a partir de x consultas, o después de x tiempo de ejecución.
Por otro lado creo recordar aún que no estoy seguro que mysql tenía límites en cuanto a número de consultas por hora o conexión, que algunos hosting tener establecidos.
Edit
A esto me referia