No es raro que se indexe el DNS. Depende de la configuracion del server pero gneralmente se indexa el IP asignado a tu host o tu dominio y logicamente lo que quieres es que se indexe el dominio.
Intenta con un 301 redirect del IP al dominio de tu web agragandolo al htacess de esta manera:
Código:
RewriteCond %{HTTP_HOST} ^121\.12\.12\.123
RewriteRule (.*) http://www.midominio.com/$1 [R=301,L]
Tambien asegurate de escoger entre la indexacion de
www.midominio.com o de midominio.com sin el www.
De donde viene el problema no te podria decir porque hay muchas maneras de comfigar el server.