Modificar archivo de configuracion con php

[azaz]

Hola al final hice lo que queria modificar el archivo use fopen pero ahora veo otro problema tengo el archivo de conifguracion dentro de la carpeta raiz pero esto no es seguro deberia ponerla fuera de la carpeta raiz pero resulta que si la pongo fuera no puedo usar parse_ini_file para cargar en un array las variables.

como se hace esta tarea de forma segura, reitero lo suyo seria ponerlo fuera de la raiz pero no funciona, alguna idea?
saludos