Hasta donde entiendo, tu o alguien corre el proceso por lotes manualmente, del 1 al 5000, del 5001 al 10000.
Ahora lo que necesitas es que un usuario cualquiera clike un botón y el proceso sea automático, que además no se pierdan datos y no perjudique los recursos del sistema.
un proceso Cron está orientado a ejecturase desde el sistema operativo.
http://www.forosdelweb.com/f18/proce...ch-php-917930/
Lo que no entiendo es si debes mostrar los resultados de todos los procesos al usuario o simplemente que lo haga todo por debajo. por que mostrar al usuario si te conumira muchos recursos. pero ejecutarlo por debajo un proceso desde el mismo php tranquilamente aguantaría. mi última consulta es, con cuantos registros piensas trabajar