Miré el código y no entendí que es lo que deseas. Así que me quedé con lo que necesitas:
"Necesito cargar datos de una base de datos. Imaginemos que los datos son las variables $seg y $min."
Los datos entregados por una base de datos pueden tener n valores distintos, por lo tanto debes almacenar los datos en un arreglo. $seg[n] $min[n]
"Luego tengo un input type submit que si lo pulso me vuelve a cargar la misma página. Si lo pulso, necesito llamar a una función en javascript, que sería fun(). Y en esa función necesito trabajar con las variables $seg y $min."
Suponiendo que $seg y $min son constantes, no te recomiendo hacer un submit para arrancar fun, sino un evento onclick, te dejo un ejemplo sencillo:
Código HTML:
Ver original<?php
$s = 1;
$m = 2;
?>
<script type="text/javascript"> function fun(){
var s = <?php echo $s; ?>;
var m = <?php echo $m; ?>;
alert("m vale: "+m+"\ns vale: "+s);
}
<input type="button" value="arranca fun" onclick="fun();"/>
Espero te sirva
