Hola:
Si tu mapa lleva colores planos, sin duda la mejor aplicación online es la mía:
Capturar áreas en imágenes... tan solo seleccionas la imagen y pinchas en el área que quieres capturar.
Repito que es lo mejor en "colores planos", si no lo son, podrías aplanarlos...
Si la imagen es vectorial, lo podrías hacer a mano, usando simplemente estilos (como los de las páginas web).
Saludos
