Ok, para iniciar y sin querer ser
pesado, un pc NUNCA va a ser un servidor ok? eso es para estar claro.
Segundo, el simple hecho que sea una red interna, no quiere decir que la comunicación va a ser eficiente ya que ahí entra lo que es tener una buena infraestructura de red como cableado, que todo esté correcto, la categoría que usen, el tipo de switch, si hay red inalámbrica, el tipo y calidad de dispositivo usado, etc.
Ahora, un I5 es un procesador para PC medio y se fabricaron varios modelos de I5, 16 gigas de RAM, estas sobrado para la red interna y un SSD para lo que vas a usar, siento que es demasiado. Con un simple SATA hubiera sido suficiente y en tu caso por seguridad, hubiera usado dos discos iguales para configurar un espejo en caso de caídas o un RAID 5 si lo permite el CPU o por lo menos por software para seguridad (aunque por software nunca va a ser igual que por hardware).
Dicho eso y si queres un buen servicio interno, le pondría una segunda tarjeta de red y configuraría un Bondign en Ubuntu para que tengas ambas tarjetas como una sola atendiendo a la red.
Si estas seguro de lo que hiciste, si te responde el Apache, PHP y MariaDB, tanto local como remoto, pues no hay necesidad de instalar nuevamente todo e igual con lo que has hecho con el servidor de correo.
Webmin simplemente es un panel de administración y punto, gestiona lo que se instala en el servidor y ayuda, pero si te sentís cómodo con la terminal, pues no lo instales.
Si el único inconveniente es Pure-FTP, pues busca guías solo para eso y te fijas simplemente en la configuración o si te hace instalar algo más para eso.
pure ftpd paso a paso Instalación de Servidor FTP PureFTPd en Debian pure ftpd paso a paso ubuntu server