Consulta mysqli de modificación

[primary]

hola el codigo esta correcto, lo que esta pasando es en la consulta ahí esta tu problema observa la consulta:

Código PHP:

$consulta="UPDATE lineas_fact SET numero_linea=".$a." WHERE num_fact=".$num_fact;
 

le estas diciendo que actualize numero de linea al valor de $a pero donde num factura es igual a tu numero de facturas es decir te actualiza todos los resultados al ultimo valor incrementado por $a.

prueba asi:

Código PHP:

$query_msjLin = $form_db -> query ("SELECT * FROM lineas_fact WHERE num_fact=".$num_fact);
$row_msjLin = mysqli_fetch_assoc($query_msjLin);
$a=1;
$array=array();
    do {
        $array[]=$a;
        $negar=implode(",",$array);
        $consulta="UPDATE lineas_fact SET numero_linea=".$a." WHERE num_fact=".$num_fact." AND numero_linea NOT IN(".$negar.")";
        $resultado=mysqli_query($form_db,$consulta);
        $a++;
    } while ($row_msjLin = mysqli_fetch_assoc($query_msjLin));
 

no deberia actualizar los que tienen ya la linea actualizada, no lo he probado pero esa es la idea.
igual cambia el while como dijo rbczgz porque si no tienes ningun valor se ejecuta el do de todas formas.
saludos