empezando con composer

[roboty]

hola tengo la siguiente duda al empezar con composer, es donde colocar el json de las librerias que necesite por ejemplo cuando se trata de alguna libreria de php como puede ser phpmailer el json lo dejo fuera de la raiz del sitio web es decir fuera del htttdocs, pero que pasa si tambien quiero usar una libreria js por ejemplo tinymce, esta no la puedo dejar fuera de la raiz del sitio.

entonces tengo que tener dos json para manrgar estas librerias?
algo me estoy dejando espero que me lo aclaren.