empezando con composer

[harryp]

Bueno tecnicamente en la raiz de el sitio web sería la mejor opción, así es como lo he visto yo siempre... para que al hacer el install te importe las librerias a partir de la raiz del proyecto y así que puedas usar todas las librerias que necesites sin problemas...
Aunque si quieres separarlas de algun modo puedes tener varios json en diferentes carpetas enfocados cada uno a una cosa y importarlos cada uno por separado sin problemas.

Si lo que te preocupa es el acceso no permitido a esas librerias siempre puede caparlo mediante htaccess
Un saludo