Cita:
Iniciado por haggenx 
a mi me pasó hace tiempo algo similar, cuando arrancaba el servidor de php como servicio (para arranque automático) shell_exec no funcionaba, no daba ningún error, simplemente no pasaba nada, lo tuve hacer que iniciara manualmente (xampp) mediante el programador de tareas de windows y ahora si funcionaba todo bien.
Precisamente, porque cuando lo arrancas manual es tú usuario quien lo ejecuta, y por ende tiene tus permisos, pero cuando lo hace de forma automática lo hace uno de los usuario especiales del sistema operativo, los cuales operan en una instancia diferente (o la llamada sesión cero), es por ello que dicho usuario no tienen plenos permisos.
por lo cual tienes 2 opciones:
otorgarle permisos al usuario del servicio de apache.
o asignar otro usuario al servicio de apache.
porque cada vez que el server se reinicie tendrá que ejecutar apache a mano, y eso no es viable.