Hola,
Aparecen marcadas porque en el estilo ".checkbox_list label:after" juega con los bordes, le pone un borde cuadrado pero luego le quita el borde superior y el derecho de forma que el borde queda como una L, esa L la gira con el transform: rotate 45 grados y por tanto parece una V como si estuviera seleccionado.
Por tanto, para quitar esa selección (que no es selección de verdad, sólo un efecto visual) tienes que hacer un estilo nuevo para la opción 3 y quitarle ese juego de bordes.
Si fuera mi código y quisiera dejarlo limpio, lo que haría sería crear un estilo con las cosas comunes para todas las casillas, y luego uno para las seleccionadas y otro para las no seleccionadas. Pero entiendo que esto igual te puede complicar más tu desarrollo (depende a la altura que estés, del conocimiento que tengas y demás), así que otra solución mucho más sencilla sería añadir un estilo nuevo tal que:
Código CSS:
Ver original.notchecked label:after {
border: none;
}
y en el div de la tercera casilla añades esa clase:
Espero que se entienda, cualquier cosa la preguntas por favor.
Un saludo
// Ito