Hola Angelito2076,
 
Te paso lo que yo haría basándome en tu código, pero tocándolo lo menos posible, si no te funciona, analízalo y adáptalo a tus necesidades:    
Código PHP:
Ver original<?php
 
    include("conexion.php");
 
 
    $idForm = $_POST['idForm'];
    $FHoraSa = $_POST['FHoraSa'];
    $LegajoSa = $_POST['LegajoSa'];
    $consulta = "SELECT FHoraSa, LegajoSa FROM db2 WHERE idForm = " . $idForm; // idForm es un int, con lo que no hay que usar 'comillas'
    
    //Comprobamos que se ejecuta la consulta
 
       // obtenemos array asociativo
           $FHoraSa_C = $row['FHoraSa'];
           $LegajoSa_C = $row['LegajoSa'];
       }
    }
    //Comprobamos los valores que tienen los campos antes de actualizar y si no
    //están actualizados, componemos las variables para la consulta de actualización
    $FHoraSa_C == "0000-00-00 00:00:00" ? $valor1 = "FHoraSa = '" . $FHoraSa . "'" : "";
    empty($LegajoSa_C) ? 
$valor2 = "LegajoSa = '" . $LegajoSa . "'" : "";     
    {
        mysqli_query ($con, "UPDATE db2 SET " . $valor1 . ", " . $valor2 . "  WHERE idForm = " . $idForm);  
 
 
 
    echo "<script> alert('Hora Modificada Correctamente');</script>";
 
    }
    {
    header('Location: db2_registros.php');     }
?>
  
Espero que te sirva, no lo he probado porque no me da el tiempo para más, pero debería funcionar.