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Tu error esta en el where, en el ejemplo que tienes todos los registros tienen una fecha, por lo que al poner en el where

Código MySQL:

where fecha='mi fecha' or fecha is null
 

Entonces nada mas te va a regresar los registros que tengan esa fecha, prueba a hacer el query pero quitando el where(la condicion ya la tienes en el IF) algo como esto:

Código MySQL:

SELECT alumno.registro, alumno.nombre, 
IF(asistencias.fecha = '2013-10-03', 'Si', 'No') AS asistencia 
FROM alumno 
left JOIN asistencias ON 
alumno.RFID = asistencias.RFID