En PHP estás armando un contenido de HTML, CSS y Javascript, pero, PHP no sabe realmente lo que estás haciendo, es el navegador el que recibe todos esos códigos y los interpreta.
Entonces, esto:
Código PHP:
Ver original<script type="text/javascript">
var var1 = document.getElementById('text').value;
</script>
<?php
$var1 = "<script> document.write(var1) </script>";
echo $var1;
Es exactamente lo mismo que esto:
Código PHP:
Ver original<?php
/* códigos iniciales */
/* Todo lo de abajo es interpretado por el navegador */
?>
<script type="text/javascript">
var var1 = document.getElementById('text').value;
</script>
<script> document.write(var1);</script>
Como ves, PHP ni se enteró de lo que pasó con esos códigos, es el navegador (lado del cliente) quien se encarga de interpretarlos y mostrarlos en la página. Si requieres tomar un valor para insertarlo en base de datos, eso se hace del lado del servidor y es por eso que necesitas enviar una nueva petición, ya sea siguiendo un enlace, procesando un formulario o por medio de AJAX.
Resumen:
HTML, CSS, Javascript = procesados del lado del cliente
PHP, base de datos, etc. = procesados del lado del servidor
No puede haber una interacción entre cliente/servidor, o viceversa, sin peticiones adicionales.
Puedes crear variables js y asignarles valor desde PHP?, sí, es posible, pero eso no implica que PHP se esté "comunicando" directamente con javascript y, menos aún, que desde javascript puedas ejecutar directamente código que se encuentra en el servidor.