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Iniciado por aniMAYtions 
Lo que me refería es a crear una web, una aplicación de gestión formato web, compilarla y, como si de JAVA se tratase, hacerla correr en su propio entorno gráfico.
No se puede hacer esto si tu aplicacion web usa el paradigma tradicional de server-side-rendering, o sí se podría pero es una pésima idea. En realidad usar PHP para cualquier cosa que no sea un sitio web comercial sin mucha funcionalidad es una mala idea. Como te dije, si vas a hacer una aplicacion HTML / JS, te conviene usar un framework como Angular para que tu aplicacion sea completamente desacoplada de cualquier backend.
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Iniciado por aniMAYtions Piensa que esos momentos de cortes de conexión van a ser los mínimos. Pero ni aún así puede fallar la aplicación, por eso me piden que también actúe en modo local, sobre bases de datos locales, etc etc...
Tenes 2 opciones basicamente:
1 - reintentar las operaciones de red en caso de que fallen, o
2 - armar un mecanismo de event sourcing o similar que te permita persistir las acciones sobre la base de datos de una forma que luego se pueda reproducir.
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Iniciado por aniMAYtions La aplicación, tal y como me la han expuesto, es una aplicación web como tantas otras que he creado. Ésta con la diferencia de que no quieren que se vea en el navegador y que quieren volcado de la DB(y extracción de datos) tanto en modo local como en el servidor en la red.
Pensaste en como vas a hacer para sincronizar los cambios entre el servidor y los clientes?
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Iniciado por aniMAYtions Por otra parte, ocurre que me han dicho que JAVA no se lleva muy bien que digamos con windows 10(y casi todo el mundo lo usa). Por eso me he decantado por PHP y me gustaría informarme de todas las salidas que puede tener.
Si vas a hacer una aplicación específicamente para Windows, lo más conveniente es usar C#, que es un lenguaje serio (no como PHP) y moderno (no como java), muchísimo más productivo que ámbos, y con una integración inmejorable con las capacidades nativas de Windows.