Se me ocurre que los comprimas con WinRar le pongas una contraseña y cada que requieras lo comprimes y los Des comprimes para evitar problemas con eso evitas que vean lo contenidos de los archivos y se aplica a cualquier equipo mientras tengas la contraseña y si solo te importa la contraseña pues le pones una comprecion básica o nula para que sea rápido y creas tu archivo .exe
No recuerdo si con .rar se pueda poner contraseña pero necesitarías tener WinRar en todos los equipos y con .exe no lo necesitas