prueba con algo como esto:
Código MySQL:
Ver original$sql ="SELECT est.codest AS id, GROUP_CONCAT(DISTINCT est.cedest) AS cedula, GROUP_CONCAT(DISTINCT est.pnomest) AS pNombre, GROUP_CONCAT(DISTINCT est.snomest) AS sNombre, GROUP_CONCAT(DISTINCT est.papeest) AS pApellido, GROUP_CONCAT(DISTINCT est.sapeest) AS sApellido, COUNT(pag.mespago) AS totalpagad,
CASE pag.statuspago
WHEN 1 THEN GROUP_CONCAT(DISTINCT pag.mespago SEPARATOR ', ') END AS meses,
WHEN 2 THEN GROUP_CONCAT(DISTINCT pag.mespago SEPARATOR ', ') END AS mesesvenc,
pag.becado, pag.montopago, pag.codnivel, pag.codgrado, pag.codturno, pag.codperiodo, pagospormora.cantmora, niveles.nivel, grados.grado, grados.seccion, turnos.turno, padres.cedpadre, padres.nompadre, padres.apepadre, periodoescolar.periodo, periodoescolar.mesesactivos, periodoescolar.interesmora FROM estudiantes est INNER JOIN pagos pag ON est.codest = pag.codest INNER JOIN padres ON padres.cedpadre = est.cedpadre INNER JOIN turnos ON turnos.codturno = pag.codturno INNER JOIN niveles ON niveles.codnivel = pag.codnivel INNER JOIN grados ON grados.codgrado = pag.codgrado INNER JOIN periodoescolar ON periodoescolar.codperiodo = pag.codperiodo LEFT JOIN pagospormora ON pagospormora.numcomprobante = pag.numcomprobante WHERE est.cedest = ? AND pag.codperiodo = ? AND (pag.statuspago = '1' OR pag.statuspago = '2') GROUP BY id";