sorry error de mi lado:
    
Código MySQL:
Ver original- $sql ="SELECT est.codest AS id, GROUP_CONCAT(DISTINCT est.cedest) AS cedula, GROUP_CONCAT(DISTINCT est.pnomest) AS pNombre, GROUP_CONCAT(DISTINCT est.snomest) AS sNombre, GROUP_CONCAT(DISTINCT est.papeest) AS pApellido, GROUP_CONCAT(DISTINCT est.sapeest) AS sApellido, COUNT(pag.mespago) AS totalpagad,  
-          
-         CASE pag.statuspago 
-         WHEN 1 THEN GROUP_CONCAT(DISTINCT pag.mespago SEPARATOR ', ') END AS meses, 
-    CASE pag.statuspago 
-         WHEN 2 THEN GROUP_CONCAT(DISTINCT pag.mespago SEPARATOR ', ') END  AS mesesvenc,  
-          
- pag.becado, pag.montopago, pag.codnivel, pag.codgrado, pag.codturno, pag.codperiodo, pagospormora.cantmora, niveles.nivel, grados.grado, grados.seccion, turnos.turno, padres.cedpadre, padres.nompadre, padres.apepadre, periodoescolar.periodo, periodoescolar.mesesactivos, periodoescolar.interesmora FROM estudiantes est INNER JOIN pagos pag ON est.codest = pag.codest INNER JOIN padres ON padres.cedpadre = est.cedpadre INNER JOIN turnos ON turnos.codturno = pag.codturno INNER JOIN niveles ON niveles.codnivel = pag.codnivel INNER JOIN grados ON grados.codgrado = pag.codgrado INNER JOIN periodoescolar ON periodoescolar.codperiodo = pag.codperiodo LEFT JOIN pagospormora ON pagospormora.numcomprobante = pag.numcomprobante WHERE est.cedest = ? AND pag.codperiodo = ? AND (pag.statuspago = '1' OR pag.statuspago = '2') GROUP BY id"; 
Prueba con ese