Ya lo he solucionado, el problema estaba en que el menú principal y el que quería ocultar estaban fijos.
Lo primero ha sido ponerlos relativos. Una vez hecho esto he calculado el scroll necesario con esto:
Código HTML:
jQuery(this).scrollTop() > jQuery("#top-header").outerHeight()
Y cuando se cumplía la condición ponía fijo el menú principal.