Gracias por la respuesta, pero no me acaba de quedar clara tu conclusión
De momento lo he dejado con el redireccionamiento del SSL, en el htacces no he puesto nada viendo que no me solucionaba nada.
Los enlaces de Adwords ya los he cambiado manualmente, pero si me he dejado alguno, no los contará. Tampoco los de newsletters antiguas. Este punto en realidad es el que menos me importa.
El que me preocupa es el de los enlaces que hay "por ahi". Si el tráfico de Adwords no me lo estaba contabilizando Analytics, entiendo que el resto de tráfico procedente de enlaces, tampoco se estará contabilizando. Aunque mirando Analytics para un enlace concreto, veo que ha bajado pero siguen entrando. No entiendo.