La libreria no acepta inserciones multiples en una solo linea, la solución que encontré [url]http://priede.bf.lu.lv/ftp/pub/DatuBazes/SQLite/SqliteJDBC/about.htm[/url] abria que utilizar addBatch() y executeBatch() de  PreparedStatement
 
Este código no es soportado por la libreria(sqlitejdbc-v056.jar) de sqlite, pero si en la librería (mysql-connector-java-5.0.8-bin.jar)de mysql 
Código:
 String strSql="REPLACE INTO mytabla VALUES (1,"segundo","tercero"),(2,"otro segundo","otro tercero"),(3,"otro segundo","otro tercero");"
 int rs=-1;
        try {
            rs=cxnBD.createStatement().executeUpdate(strSql);
        } catch (SQLException e) {
            AdminExcepciones.saySystemExcepcion("Error: Conexión incorrecta."+e.getMessage() ,getClass());
        }
  Este codigo si es soportado por la libreríalibreria(sqlitejdbc-v056.jar) de sqlite 
Código:
        try {
                 PreparedStatement pst=conexion.PreparedStatement("REPLACE INTO mytabla VALUES (?,?,?);"
                 pst.setString(1, "1");
                 pst.setString(2, "segundo");
                 pst.setString(3, "tercero");
                 pst.addBatch();
                 pst.setString(1, "2");
                 pst.setString(2, "otro segundo");
                 pst.setString(3, "otro tercero");
                 pst.addBatch();
                 pst.setString(1, "3");
                 pst.setString(2, "otro segundo");
                 pst.setString(3, "otro tercero");
                 pst.addBatch();
        pst.executeBatch();
       } catch (SQLException e) {
            AdminExcepciones.saySystemExcepcion("Error: Conexión incorrecta."+e.getMessage() ,getClass());
        }
  Saludos y gracias