Puedes usar ODBC .. en ese caso usarias las funciones de PHP:
odbc_xxx()
Pero, .. necesitas instalar un driver ODBC en tu máquina LInux ..
PHP dispone de funciones nativas para gestionar MS SQL Server .. (como el en texto que citó Chuty) .. pero, necesitas instalar en tu servidor Linux un "TDS":
http://www.freetds.org/
Todo esto para poder hacer la conexión remota a tu SQL Server .. Si tienes oportunidad . usa el "TDS" y las funciones nativas de PHP para conectar a MS SQL en lugar de ODBC (ganaras en rendimiento).
Un saludo,