Descargar archivos al servidor

[Nexus10]

Gracias por contestar.
En primer lugar decir que shell_exec tampoco me funciona.
En segundo lugar, el programa tampoco creo que sea importante, ni siquiera el tema de la descarga de los archivos por ftp. La cuestión es que no puedo ejecutar un script de bash mediante php. No se si estoy haciendo algo mal o es otro problema.

Supongamos un script llamado script.sh, tan simple como crear un directorio en el servidor:

#!/bin/bash
# creo el directorio prueba
mkdir prueba

Intento ejecutarlo desde una máquina clliente con una aplicación web en php y no lo consigo.

El servidor y el cliente forman parte de la red local de mi oficina.
El cliente tiene windows y el servidor linux con apache.

Estoy pensando que puede tratarse de un tema de permisos, pero no tengo mucha idea de linux y no se como comprobarlo. Tampoco me da ningún mensaje de error, así que no se que hacer.