para poder hacer lo que necesitas puedes armar el archivo.php con una estructura ya definida y luego podes hacer el replace del contenido antes de realizar la insercion o directamente haces el inicio y cierre usandolo como variable o sea asi
Código PHP:
Ver original<?php
$variable = '
<?php ';
$variable .= '
$var = 1;
$vard = 2;
//Aqui quiero empezar a insertar los valores
echo "
valor1
valor2
";';
$variable .= '
?>';
?>