Script largo se para después de un tiempo

[Triby]

Si quieres seguir probando con lo mismo, crea un registro (log) de actividades, guardando cada paso y los posibles errores en un archivo de texto, tal vez eso te ayude a identificar la falla.

Ya tienes un cron para esta tarea? no necesitas más. Hace algún tiempo tuve que hacer algo similar y no es tan difícil, solo hay que guardar el último registro procesado y continuar desde ahí:
1- Leer dato de último registro, si es -1, arrancar desde el principio
2- Hacer una consulta para obtener 100 registros (o los que sean necesarios) y procesarlos
3- Después de procesar cada registro, actualizas el dato del punto 1; si llegas al final de la tabla, lo pones en -1