Para identificar los archivos que no localizas, te recomiendo que accedas con "cd /" directamente a la ruta del punto de montaje, no a la ruta del hd.
Ahora, con "du" y "find" identificas todos los tamaños, más o menos así...
Ampliación:
También debes tener en cuenta que si borras una serie de archivos, es posible que existan procesos que los estaban usando.
Por tanto el archivo/os se siguen contabilizando como espacio ocupado.
Puedes verlos con: