Insert de miles de registros muy lento

[mager3]

intente ejecutar la consulta por bloques preguntando si el contador es múltiplo (para el caso: multiplo de 3) y me funciona parcialmente porque si tengo 10 registros me genera un insert cada 3 registros pero el 10 no me lo ejecuta... "Claro porque no es múltiplo de 3 no entraen la condición". me pueden por favor orientar.

Código PHP:

While ($row = OCI_Fetch_Array($rstOpenConvenio)) {
 
    //$resultado = mysqli_query($qMysql, $conn);
    //mysqli_query($conn,"INSERT INTO mesanterior (ss) VALUES ('".$row[0]."')");
 
    $contador=$contador+1;
    $values.= "('".$row[0]."','".$row[1]."','".$row[2]."','".$row[3]."','".$row[4]."','".$row[5]."','".$row[6]."','".$row[7]."','".$row[8]."','".$row[9]."','".$row[10]."','".$row[11]."','".$row[12]."','".$row[13]."','".$row[14]."','".$row[15]."','".$row[16]."'),";
 
    if (fmod($contador, 100)==0){
        $qMysql = "INSERT INTO mesanterior (periodicidad,SS,cargdoso,cargunid,cargconc,concdesc,cargvalor,cargsign,sesuserv,sesususc,sesucate,sesusuca,pefacicl,locadesc,tipodir,copagina,observacion) VALUES";
        $values = substr($values,0,-1);
        $sql=$qMysql." ".$values;
        echo $sql;
        $resultado=mysqli_query($conn,$sql);
        $values="";
        echo $contador." es multipo de 100 ";
        echo "<br><br>";
    }
}