Guardar array en Base de Datos

[alf2303]

Hola a todos tengo rato atorado en esta acción de guardado. Tengo la siguiente tabla donde guardo bases de pasteles.

| FolioPedido | IdBase | descripcion | status|
+-----------+----------+-------------------------------+------+
| P0001 | 73 | TABLA METRO Y MEDIO | 1 |
| P0002 | 73 | TABLA METRO Y MEDIO | 1 |
| P0002 | 71 | 1 BASE DE MADERA CHICA | 1 |

Tengo 2 pedidos dados de alta, esta tabla que muestro esta ligada a otra que se llama pedidos y las ligo con el folio_pedido.
Mi problema es que cuando mando llamar las tablas del pedido P0002 para actualizar yo guardo en un array las dos bases

$newdata = array (
id_base => $r_bases ['IdBases'],
base => $nombre_base,
costo => $r_bases ['depositos'],
status => 1
);

y estas las imprimo en una tabla con la opcion de poder eliminar y agregar mas bases, en lo que estoy batallando es que si yo borro del array una base de las que tengo agragadas en tabla y doy de alta otras nuevas como actualizo en mi tabla que borre una y agregue otras mas...

no soy bueno explicando...