pues primero diseña las tablas, aunque lo emjro es que diseñes en papel , la intereaccion del cliente , y ahi vas viendo si es necesario mas columnas a una tabla o menos columnas o nuevas tablas o JOINS de tablas
- primero en papel
- luego base de datos
- luego estructura HTML (una skin o similar)
- Luego decicion si usaras MVC ,Php Framework,Php REST y Javascript Framework ,o PHP DURO y PURO , etc ahi ya tienes libre albeldrio,
en el 4to punto es tu decicion como atajar el problema de que si quieres usar REST y Javascript ya que hoy por hoy es lo que va la mayoria, por dar esa sensacion de rapidez, etc etc