Tomando la nota de
tuadmin, si quieres algo más general y flexible puedes incluir este par de condiciones antes de las reglas:
Código:
# Solo si no existe archivo (!-f) o carpeta (!-d)
RewriteCond %{REQUEST_FILENAME} !-f
RewriteCond %{REQUEST_FILENAME} !-d
#solo controlador
RewriteRule ^([a-zA-Z0-9_-]+)\/$ index.php?accion=$1 [S]
# -- El resto de reglas
Esto te permitirá utilizar cualquier estructura de directorios y, por supuesto, tendrás que asegurarte de que no se puedan acceder, arreglando reglas para no indexar o simplemente incluyendo un archivo index.html en cada carpeta.