Gracias , cuando a mis inputs les quito los [] y el indice
<input id="empleado" name="empleado" value="<?php echo $empleado=$row_empleado['clave']?>" type="text">
Y mi funcion (sin i ) se ejecuta solo que solo siempre pasa el primer registro
<script type="text/javascript">
function confirmation()
{
var empleado = document.getElementById('empleado' ).value;
var tipo= document.getElementById('tipo' ).value;
swal({
title: "Estas seguro de generar este Documento?",
text: "Al dar clic en Aceptar generaras "+empleado+""+tipo+"",
type: "warning",
showCancelButton: true,
cancelButtonColor: "#DD6B55",
cancelButtonText: "Cancelar",
confirmButtonColor: "#3085d6",
confirmButtonText: "Aceptar",
closeOnConfirm: false },
function(isConfirm){
alert('Aceptar');
});
$('.swal2-confirm').click(function(){
window.location.href = "generarDocumento.php?empleado="+empleado+ "&tipo=" + tipo;
});
}
</script>