Por lo que entiendo la BIOS sí reconoce tu disquetera, pero en SO no, lo más seguro es que sea debido a un conflicto de dispositivos, desde el windows en el administrador de dispositivos puedes ver el error exacto que te da, y si es un conflicto de dispositivos lo más seguro es que sea por que los dos ocupan la misma interrupcion (IRQ) y no son compatibles entre sí para compartirla, asi que puedes arreglarlo por windows o bien cambiando manualmente la interrupción que le corresponda a la disquetera.
Un saludillo
Sucu