puedes hacerlo al guardar con
$b=sprintf("%05d",32);
aqui te escribiria en el archivo ,00032, una cadena de 5 numeros relleno con 0 a la izquierda
o bien
printf("%05d",32); te escribiria lo mismo pero al sacar los datos
del archivo,
obimanente tienes de cambiar el 32 por la variable que le des
mira en el manual de php
http://www.php.net/manual/es/ref.hyperwave.php
estas funciones,
un saludo