Solo tienes que cargar el nombre de del checkbox
<input type='checkbox' value='Deporte' name='checkbox'>"
.
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<input type='checkbox' value='Religion' name='checkbox1'>"
luego cuando aceptes los datos solo tienes que añadir al array
Código PHP:
$matriz=array(checkbox, checkbox1.....)
lo que importa es el value del checkbox que es donde le asignas el valor al mismo